活性肽定量构效关系建模过程中1种肽段长度不等的表征方法的建立

• 作者: 田淇 李耀旺 李博
• 来源期刊: 中国食品学报
• 关键词: 两端排序法 偏最小二乘法 抗氧化肽 定量构效关系 自由基
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 基础研究|Fundamental Research
• 页码范围: 28-38
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.16429/j.1009-7848.2021.04.004

摘要

当肽段的氨基酸序列长度不等时,建立活性肽定量构效关系(QSAR)模型具有一定困难.自交互协方差(ACCs)技术虽然能够建立肽段不等的模型,但是预测效果并不理想.本研究提出1种两端排序法(TTPN).首先从数据库中查找序列长度最短的肽,以氨基酸数量为基准,分别对每条肽的C端和N端取基准数量的氨基酸残基,组成新的,用于表征其结构的序列.之后建立描述变量矩阵X,活性数据矩阵Y进行定量构效关系(QSAR)研究.为验证TTPN法的有效性及适用范围,收集并建立3个数据库:苦味肽(BT)数据库、降血压肽(ACE)数据库和ORAC法测定的抗氧化肽数据库.QSAR结果表明,在3个数据库中TTPN均比ACCs法能更好地描述肽序列(如ACE数据库中TTPN和ACCs的R2、Q2分别为0.724,0.599和0.329,0.038).此外,TTPN还能够描述信息被部分或完全描述的序列(2-14和7-14数据库的R2、Q2分别为0.717,0.693和0.922,0.753).综上所述,TTPN法不仅为序列不等长肽QSAR建模提供了1种有效的处理方法,而且与ACCs法相比,应用TTPN技术所建立的QSAR模型具有较好的分析和预测能力,应用范围广泛,且根据模型得出的活性肽结构特征更易于解释.