2018-2019年福州腹泻住院儿童A组轮状病毒全基因组分析

• 作者: 黄枝妙 吴冰珊 林琦 林卫东 翁育伟
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: A组轮状病毒 基因重配 二代测序 G/P分型
• 年，卷（期）: 2021,（6）
• 所属期刊栏目: 人类病毒研究论著|Human Virus Articles
• 页码范围: 1385-1393
• 页数: 9页
• 分类号: R373.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003878

摘要

了解2018-2019年福州市五岁以下腹泻住院儿童标本中A组轮状病毒(RVA)基因组特征.通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对49份RVA阳性标本进行核酸扩增,对扩增到的40份标本进行全基因组二代测序,获得G1P[8]型RVA毒株7株,G9P[8]型RVA毒株33株.根据VP7节段分型,40株RVA毒株中有30株G9-Ⅵ亚型、3株G9-Ⅲ亚型和7株G1-Ⅰ亚型;根据VP4节段分型,40株RVA毒株均属于P[8]-3亚型.全基因组核苷酸序列分析表明,除了VP7节段外,序列差异比较大的有NSP4和NSP1两个节段.本研究获得11株G9P[8]型Waa-ike株(G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1),22株NSP4节段重配的G9P[8]-E2株(G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E2-H1),在测序的33株G9P[8]型RVA毒株中G9P[8]-E2重配株占66.7％.7株G1P[8]型RVA毒株均为Wa-like株.研究结果表明,2018-2019年福州地区流行的RVA毒株中G9P[8]-E2重配株已经成为优势株,为了更全面了解福州地区RVA毒株的遗传变异情况,后续还需加大标本量持续进行监测.