乙型肝炎病毒相关肝细胞癌的关键基因筛选及临床意义

• 作者: 曹旭 李小科 糟小宾 杨先照 张嘉鑫 李志国 杜宏波 叶永安
• 来源期刊: 世界科学技术-中医药现代化
• 关键词: 乙型肝炎病毒 肝细胞癌 基因芯片 生物信息学
• 年，卷（期）: 2021,（6）
• 所属期刊栏目: 专题讨论一:中医药与肝肠研究|Thematic Dicussion Ⅰ:The Treatment of Hepatointestinal Diseases by Traditional Chinese Medicine
• 页码范围: 1753-1772
• 页数: 20页
• 分类号: R2-031
• 语种: 中文
• DOI: 10.11842/wst.20200705001

摘要

目的 应用生物信息学筛选出乙型肝炎病毒(HBV)相关肝细胞癌的关键基因及潜在药物.方法 从GEO数据库下载HBV相关肝癌高通量芯片数据集GSE121248和GSE49713,通过GEO2R法分析获得差异表达基因(DEGs).通过DAVID数据库对DEGs进行GO和KEGG分析.String数据库建立蛋白-蛋白互作网络(PPI),利用Cytoscape软件构建hub基因及可视化网络.通过Kaplan-Meier Plotter和UALCAN数据库确认有临床预后价值的关键基因.通过cBioPortal数据库分析关键基因在肝癌组织中的表达相关性、突变和生存预后,通过CTD数据库获取对关键基因有潜在作用的化合物并进行比较.结果 共获得93个DEGs,这些基因主要富集在氧化还原、蛋白质水解和有丝分裂核分裂等生物学过程;主要富集在细胞外小体、细胞外区域和细胞外隙等细胞成分;主要与血红素结合、铁离子结合和染色质结合等功能;主要集中在代谢途径,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢以及色氨酸代谢3条通路.筛选分析hub基因并从中得到10个关键基因,在突变、表达相关性及预后上均有统计学意义(P<0.05).基于以上靶点筛选出白藜芦醇、雷公藤甲素、穿心莲内酯、黄芩提取物、水飞蓟宾、姜黄素、槲皮素、隐丹参酮等候选药物.结论 本研究通过数据挖掘与生物信息学分析,找到多个关键基因与潜在药物,为临床HBV相关肝癌治疗靶点的选择及药物方案的优化提供了参考.