冷应激后民猪背脂中差异lncRNA的筛选与分析

• 作者: 马骏杰 汪亮 刘娣 张冬杰 杨秀芹
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 关键词: 民猪 lncRNA mRNA 冷应激 调控网络
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 遗传育种|ANIMAL GENETICS AND BREEDING
• 页码范围: 932-942
• 页数: 11页
• 分类号: S828.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2021.04.009

摘要

旨在分析冷应激对猪脂肪组织内lncRNA表达的影响,探讨冷应激下lncRNA与靶基因的改变对脂肪代谢及机体的影响.本研究以6头6月龄雌性民猪为试验材料,随机分为2组,一组置于正常舍内饲养,温度控制在(18±2)℃,设为对照组;另一组置于室外半敞篷舍内饲养,温度控制在(-18±5)℃,设为试验组.处理24h后,屠宰,取背部皮下脂肪为试验材料,通过转录组测序筛选出受低温诱导的lncRNA及其靶基因,并对差异基因开展生物学功能分析,构建两者间的调控网络.结果发现,166个差异表达lncRNAs和269个基因受到冷应激诱导,其中仅有2个为已知的lncRNAs.差异基因中有多个与机体免疫相关,如干扰素刺激基因、DHX58、PTX3和OASL等,与呼吸、氧化应激和血液循环相关的基因有KCNK3、CCDC38、GAS2L2、KNDC1、LIPG和C1QL3等,与脂类代谢相关的基因有ANGPTL4、KLF11、NUPR1和HERC5,它们均发生了显著上调.而与神经系统相关的基因,如SLIT1、MAP6、TREM2和IRFN2等则发生了显著下调.差异基因参与的生物学过程主要包括防御反应、对生物刺激的反应以及病毒的反应等.通过相关系数分析发现,144个lncRNA与208个靶基因共表达,并以反式调控为主,两者间存在着复杂的调控关系,所筛选出的靶基因显著富集到真核生物的核糖体生物发生和基底细胞癌通路.据此推测,冷应激下机体的先天免疫系统、呼吸、氧化应激、血液循环和神经系统的敏感性等生理过程均受到影响,脂类代谢发生了改变.