苜蓿质膜内在蛋白编码基因MsPIPs家族的密码子偏好性分析

• 作者: 张海霞 王玉道 许雪妮
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 质膜内在蛋白 密码子偏好性 自然选择 突变
• 年，卷（期）: 2021,（6）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·生理生化|CROP GENETICS AND BREEDING·PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY
• 页码范围: 1393-1399
• 页数: 7页
• 分类号: S551+.7
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2021.06.005

摘要

利用CodonW软件分析苜蓿质膜内在蛋白编码基因(MsPIPs)的密码子组成,发现它们的密码子在碱基使用中存在偏倚,偏好使用以T/A结尾的密码子,其中T结尾的密码子出现频率为47％.MsPIPs密码子的平均有效密码子数(ENC)为45.47个,偏好性较弱.通过主成分分析(PCA)、对应性分析(COA)、偏倚分析(PR2)、有效密码子数分析(ENC plot)和中性分析等多重分析方法对苜蓿MsPIPs密码子偏好性的成因进行分析,发现苜蓿MsPIPs的偏好性主要受自然选择的影响.