基于转录组数据挖掘藏羊立毛肌发生的关键基因

• 作者: 楚金雨 李绍梅 杨戈 牟春燕
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 关键词: 藏羊 立毛肌 转录组 皮肤
• 年，卷（期）: 2021,（8）
• 所属期刊栏目: 遗传育种|ANIMAL GENETICS AND BREEDING
• 页码范围: 2171-2180
• 页数: 10页
• 分类号: S826.83
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2021.08.010

摘要

旨在探究调控藏羊皮肤内立毛肌发生的分子机制,挖掘影响立毛肌发生的关键基因.本研究采集了30个75～110日龄健康情况良好的藏羊胚胎,收集背部皮肤组织,制作石蜡组织切片,利用HE染色观察背部皮肤内不同日龄立毛肌的形态学变化特征,推测出立毛肌发生的关键时期为胚龄75～85天(E75～E85);分别挑选胚龄大约在75和85天各3个背部皮肤组织样品,分样品提取RNA,利用Illumina Hiseq平台进行转录组测序,对测序数据进行质控、过滤、比对,筛选得到差异表达基因,并对差异基因进行功能注释、富集分析、蛋白网络互作和RT-qPCR验证,挖掘调控立毛肌早期发育的关键候选基因.测序结果共得到1159个差异表达的基因(P＜0.05),其中900个基因上调,259个基因下调.随机选择6个差异表达的基因进行RT-qPCR验证,表达趋势与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠.通过对差异基因进行GO功能注释和KEGG富集分析,筛选到与立毛肌发育相关的5个生物学过程条目和5个信号通路共47个非冗余基因(如BAMBI、TNNI3、HOXA9等).本研究表明,藏羊立毛肌开始发育的关键时期约为E75～E85天,该时期内SPP1、BAMBI、TNNI3、HOXA9、SOX15可能为影响藏羊立毛肌发生的关键候选基因.