RNA-seq揭示碱性盐(NaHCO3)对细叶百合鳞茎基因表达的影响

• 作者: 李冠嵘 何好 朱国庆 陈诗雅 徐阳 金淑梅
• 来源期刊: 中国农学通报
• 关键词: 细叶百合 鳞茎 NaHCO3 逆境 转录组 基因表达 表达量 qPCR
• 年，卷（期）: 2021,（12）
• 所属期刊栏目: 生物科学
• 页码范围: 64-71
• 页数: 8页
• 分类号: S184
• 语种: 中文

摘要

本研究旨在揭示细叶百合在盐碱逆境中的基因表达表达情况,为合理利用盐碱地和大面积种植百合提供理论基础.以一年生的细叶百合鳞茎为材料,经过20 mmol/L NaHCO3处理24 h后,用Illumina HiSeqTM2000测序平台进行转录组测序.共测得56828个mRNA的注释信息,其中,55433个Unigene被注释到Nr数据库,26973条Unigene被注释到KOG数据库,23610条Unigene被注释到GO数据库,13142条Unigene被注释到KEGG数据库的五大类中.共鉴定出390个差异表达基因.选取了9个与盐碱胁迫密切相关的基因进行qPCR验证,9个基因的表达结果与转录组的结果基本趋于一致.通过细叶百合在碳酸盐(NaHCO3)逆境下的转录组对比数据,提供了许多的基因表达通路和表达量的差异,为合理利用盐碱地和大面积种植百合提供理论基础.