谷子RNA干扰相关酶类基因家族的鉴定与分析

• 作者: 张司雯 邓欣 王龙 罗皓天 王禹茜 王月 李清竹 王红艳
• 来源期刊: 草业科学
• 关键词: RNA干扰 基因家族 生物信息学 系统进化树 保守结构域 组织特异性表达 谷子
• 年，卷（期）: 2021,（7）
• 所属期刊栏目: 植物生产层
• 页码范围: 1380-1392
• 页数: 13页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11829/j.issn.1001-0629.2021-0024

摘要

Dicers酶类、Argonautes蛋白以及RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerases,RDRs)是RNA干扰(RNA interference,RNAi)机制中重要的核心蛋白,但在谷子(Setaria italica)中尚无系统报道.为了研究谷子中与RNA干扰相关酶类基因的特征,本研究对谷子的RNA干扰相关酶类基因家族进行了蛋白质理化性质、亚细胞定位预测、蛋白质保守基序、基因保守结构域、基因家族成员间系统发育关系以及组织特异性表达谱分析.研究共发现24个与谷子RNA干扰相关酶类基因,包括7个DCL(Dicers),13个AGO(Argonautes),4个RDRs.系统进化树分析表明,这些家族被分为3个进化支.同一家族基因成员具有共同的保守结构域.虽然大多数基因可同时在不同发育时期的叶、茎和穗中表达,但其在各时期的穗和茎中的表达量最高.本研究为详细探讨这些基因在谷子生殖和生长发育中的表观遗传修饰作用提供了理论依据.