基于转录组测序的越南安息香根、茎和叶基因表达分析

• 作者: 王小敏 许婳婳 詹若挺 马新业
• 来源期刊: 中草药
• 关键词: 越南安息香 转录组 功能基因 代谢通路 简单重复序列
• 年，卷（期）: 2021,（8）
• 所属期刊栏目: 药材与资源|Medicinal Materials
• 页码范围: 2392-2399
• 页数: 8页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2021.08.023

摘要

目的 对越南安息香Styrax tonkinensis进行转录组测序,获得其根、茎和叶的转录组信息特征.方法 以越南安息香的根、茎和叶作为研究对象,使用Illumina HiSeqTM 2000进行越南安息香根、茎和叶的转录组测序分析.结果 转录组测序根、茎和叶共获得53 835 045条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得69 151条Unigenes,平均长度778.51nt.BLAST分析表明分别有41 412 (59.89％)、31 189 (45.10％)、25 539 (36.93％)、16 749 (24.22％)个Unigenes在Nr、Swiss-port、KOG、KEGG数据库中得到注释,可归入GO分类的细胞组分、生物过程和分子功能3大类46分支,涉及129条KEGG标准代谢通路,其中有31个次生代谢标准通路.蛋白编码框序列3 461个,涉及高等植物转录因子54个家族.使用MISA软件挖掘10 974个简单重复序列(SSRs),二碱基重复SSRs数量最为丰富,有6282个(57.24％),五碱基重复SSRs最少,占2.45％.结论 利用高通量技术和生物信息分析获得了越南安息香根、茎和叶的转录组信息特征,为后期越南安息香基因功能鉴定、次生代谢途径解析及调控机制的研究奠定基础.