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腺性膀胱炎差异表达基因生物信息学分析及关键基因筛选
腺性膀胱炎差异表达基因生物信息学分析及关键基因筛选
作者:
胡超
段灵星
梁挺
陈光
鲁雄兵
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
腺性膀胱炎
差异表达基因
基因本体
KEGG通路富集
蛋白—蛋白相互作用
摘要:
目的 对腺性膀胱炎(CG)差异表达基因进行生物信息学分析,并筛选关键基因.方法 自公共平台数据库内完成基因芯片数据集GSE11783的下载,借助在线分析软件GEO2R,完成CG相关差异表达基因的筛选;借助生物信息学资源数据库DAVID6.8,开展基因本体(GO)以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;借助数据库STRING以及软件Cytoscape 3.6.1,分析蛋白—蛋白互作(PPI)网络.结果 筛选出CG相关差异表达基因共154个,其中上调74个、下调80个.GO分析发现,差异表达基因主要经由T细胞活化及免疫应答(IR)、细胞杀伤调控、淋巴细胞活化及IR、γ-干扰素生成的正调节、细胞杀伤正调节、辅助性T细胞分化正调控、促进辅助性T17(Th17)细胞分化、促进T细胞IR调控等生物学途径,实现对CG的成功诱发.经KEGG通路富集分析可知,差异表达基因显著富集于NOD样受体信号途径、自身免疫性甲状腺病变、细胞因子及其受体间互作、Th17细胞分化、Rap1信号途径、JAK-STAT信号途径、自然杀伤细胞主要参与的细胞毒性等.差异表达基因编码蛋白的PPI网络含节点蛋白共146个、边70条;其中的关键基因为CLEC7A和CD80,可能是CG发生发展的潜在靶点.结论 CG样本中相关差异表达基因有154个,主要参与T细胞活化及免疫应答、淋巴细胞活化及免疫应答、NOD样受体、细胞因子—细胞因子相互作用等信号通路;CLEC7A与CD80为蛋白网络作用的关键基因,可能是CG发生发展的潜在靶点.
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文献信息
篇名
腺性膀胱炎差异表达基因生物信息学分析及关键基因筛选
来源期刊
山东医药
学科
关键词
腺性膀胱炎
差异表达基因
基因本体
KEGG通路富集
蛋白—蛋白相互作用
年,卷(期)
2021,(12)
所属期刊栏目
论著
研究方向
页码范围
10-13
页数
4页
分类号
R694
字数
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1002-266X.2021.12.003
五维指标
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节点文献
腺性膀胱炎
差异表达基因
基因本体
KEGG通路富集
蛋白—蛋白相互作用
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
山东医药
主办单位:
山东卫生报刊社
出版周期:
周刊
ISSN:
1002-266X
CN:
37-1156/R
开本:
大16开
出版地:
济南市燕东新路6号
邮发代号:
24-8
创刊时间:
1957
语种:
chi
出版文献量(篇)
55362
总下载数(次)
42
总被引数(次)
199298
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