西藏大花红景天EST-SSR开发及通用性分析

• 作者: 张力鹏 滕彦娇 王宏鹏 李天宇 宋文芹 陈成彬
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 关键词: 大花红景天 转录组 SSR 通用性分析
• 年，卷（期）: 2021,（11）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 40-47
• 页数: 8页
• 分类号: S567.23+9.01
• 语种: 中文
• DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2021.11.007

摘要

以西藏大花红景天为研究对象,用MISA软件筛选转录组测序获得的48790条unigene,开发EST-SSR(表达序列标签-微卫星序列)并对其通用性进行分析,以期为红景天属物种的遗传多样性研究和分子标记辅助育种奠定基础.结果表明,共检测出10761个SSR位点,分布于8973条unigene中,分布频率为22.06％,平均分布距离为4.725 kb.优势重复基序以单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸为主,其中单核苷酸重复单元以基序A/T为主,共7167个,二核苷酸重复单元以AG/CT为主,共1008个.随机合成280对引物,其中248对表现出有效扩增,54对具有多态性.此外,SSR引物在长鞭红景天、狭叶红景天、菊叶红景天、圣地红景天、柴胡红景天、高山红景天中具有较高的通用性,扩增效率分别为75.0％、73.75％、72.5％、62.5％、70.0％、72.5％.