骨性关节炎mRNA差异表达谱及竞争性内源RNA调控的网络分析

• 作者: 刘金豹 李刚 李嘉程 梁学振 许波
• 来源期刊: 中国组织工程研究
• 学科: 医学
• 关键词: 骨 关节炎 软骨 基因 免疫 RNA 生物信息学 数据挖掘 调控网络
• 年，卷（期）: 2021,（8）
• 所属期刊栏目: 组织工程相关大数据分析
• 页码范围: 1212-1217
• 页数: 6页
• 分类号: R446|R447|R363
• 语种: 中文

摘要

背景:目前指出引起骨软骨关节炎的可能的原因包括:软骨退变、自我吞噬、机械力学改变、软骨过度增生、内部免疫、氧化应激及疼痛等.目的:骨性关节炎由多种因素导致关节软骨退行性疾病,实验旨在通过生物信息学方法探讨骨性关节炎的发病机制.方法:检索GEO数据库中关于骨性关节炎的相关芯片数据集GSE51588和GSE19060,借助R语言分析差异基因,利用miRDB,miRTarbase和starBase数据库分别预测骨性关节炎相关mRNA的靶向miRNAs,构建miRNA-mRNA调控网络,采用GeneMANIA和FUNRICH对上述调控网络中的mRNA进行分析;检索LncRNADisease病数据库与骨性关节炎相关的lncRNA,利用Starbase数据库预测其miRNAs,构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络.结果与结论:①利用R语言分析共筛选出11个显著差异mRNA;②通过miRDB,miRTarbase和starBase和预测的靶向miRNA与上述11个差异mRNA交叉映射确定290个miRNAs参与骨性关节炎相关miRNA-mRNA调控网络的构建;③在LncRNADisease数据库中检索到15个与骨性关节炎发病相关的IncRNA;④利用Starbase数据库预测270个miRNAs,构建出5个IncRNA,106个miRNA和8个mRNA的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络,通过FUNRICH得出7个主要的生物学过程和2条主要的信号通路;⑤进一步分析显示,差异表达mRNA主要和蛋白代谢作用、细胞通讯、信号转导、免疫反应、新陈代谢、能量途径及细胞生长的生物学过程有关,通过而参与骨性关节炎的发病过程,为骨性关节炎治疗靶点的确定提供了思路.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李刚		79	480	14.0	18.0
2	梁学振		32	119	6.0	9.0
3	许波		32	124	6.0	10.0
4	李嘉程		11	54	5.0	7.0
5	刘金豹		13	6	1.0	2.0