基于转录组测序分析的黄精种子休眠解除相关差异基因研究

• 作者: 罗丽娜 向增旭
• 来源期刊: 中国农学通报
• 关键词: 黄精 种胚 高通量测序 休眠 转录组 代谢通路 差异基因
• 年，卷（期）: 2021,（11）
• 所属期刊栏目: 生物科学
• 页码范围: 1-8
• 页数: 8页
• 分类号: S567.239
• 语种: 中文

摘要

旨在获得黄精转录组数据库并挖掘参与其种子发育和休眠解除相关基因,以休眠解除前后的黄精种胚为试材,利用新一代高通量测序手段对供试样品进行转录组测序,并进行系统的生物信息学分析.黄精种子休眠解除前后样品中共得到79716个差异表达基因,上调的表达基因有60074个,下调的表达基因有19642个.休眠解除前后的黄精种胚中共有130284个差异表达基因被GO功能注释到生物进程、分子功能和细胞组分3个大类56个亚类,注释的差异表达基因与代谢过程、生物调控、细胞组分合成和酶催化活性等密切相关.KEGG代谢通路结果表明,共有65038个差异表达基因,涉及138个代谢通路,主要参与碳代谢、次生代谢产物的生物合成和多糖的代谢.基于KEGG数据库中注释结果,共发现15条与黄精种胚休眠解除相关的代谢通路.黄精种子发育与休眠解除过程,大量的种胚形态建成、多糖分解及蛋白质合成差异基因参与表达,并涉及到多个代谢途径的相互作用,构成复杂的休眠解除调控网络.