扁蓿豆叶绿体基因组密码子偏好性分析

• 作者: 田春育 武自念 李贤松 李志勇
• 来源期刊: 草地学报
• 学科: 农学
• 关键词: 扁蓿豆 叶绿体基因组 密码子偏好性 选择影响 最优密码子
• 年，卷（期）: 2021,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 2678-2684
• 页数: 7页
• 分类号: S349+.55
• 语种: 中文
• DOI: 10.11733/j.issn.1007-0435.2021.12.006

摘要

为阐明扁蓿豆(Medicago ruthenica)叶绿体基因组密码子使用模式,以其50条蛋白编码序列(CDS)为对象,利用软件CodonW 1.4.2、Excel以及在线程序对其ENC,RSCU,GC含量、中性绘图、PR2-plot、最优密码子等进行分析得到以下结果:基因组平均GC含量为40.58％,其中GC1＞ GC2＞GC3;ENC的取值介于35.77～56.62之间,表明密码子使用偏好性较弱;基因组中共有30个密码子RSCU＞1,其中29个以A/U结尾;ENC-plot绘图分析结果中多数基因分布于标准曲线下方,22个基因ENC比值在-0.05～0.05之间,密码子偏好性主要受选择影响;PR2-plot分析表明碱基T的使用频率大于A,G大于C,说明密码子偏好性还受其他因素影响;该基因组中共有UUU,UUA,ACU等11个最优密码子并均以A/U结尾.以上研究结果可为扁蓿豆叶绿体基因组优良基因利用提供理论与基础.