豆蔻属药用植物叶绿体基因组密码子偏性分析

• 作者: 马孟莉 张薇 孟衡玲 王田涛 李春燕 卢丙越
• 来源期刊: 中草药
• 关键词: 草果 阳春砂 白豆蔻 爪哇白豆蔻 叶绿体基因组 密码子偏性 最优密码子
• 年，卷（期）: 2021,（12）
• 所属期刊栏目: 药材与资源|Medicinal Materials
• 页码范围: 3661-3670
• 页数: 10页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2021.12.024

摘要

目的 明确豆蔻属药用植物叶绿体基因组蛋白编码基因密码子使用模式及影响因素.方法 以草果Amomum tsao-ko、阳春砂Amomum villosum、白豆蔻Amomum kravanh和爪哇白豆蔻Amomum compactum叶绿体基因组50个共有蛋白编码基因为材料,利用CodonW 1.4.2软件、CUSP在线程序和Excel软件等分析基因密码子使用偏性参数和核苷酸组成.结果 4个豆蔻属物种叶绿体基因组具有相似的密码子使用模式,密码子第3位碱基GC含量为37.22％～37.31％,偏向使用NNA和NNT型密码子;4个物种的有效密码子数值(ENC)均在35以上,表明豆蔻属叶绿体基因组密码子偏性较弱.综合中性分析、有效密码子数(ENC-plot)分析、奇偶偏好性(PR2-plot)分析和对应性分析的结果显示豆蔻属叶绿体基因组密码子偏性主要受选择影响,同时突变等其它因素也对密码子的偏性产生一定的作用.在草果、阳春砂、白豆蔻和爪哇白豆蔻中分别确定了18、16、16、18个最优密码子,其中共有最优密码子13个.结论 豆蔻属植物叶绿体基因组密码子第3位碱基偏向使用A/T结尾,密码子偏性受选择影响最大,同时还受到诸如突变等其它因素的影响.