银屑病关节炎相关差异基因的筛选及其在中药组方中的应用

• 作者: 马迪 梁鹏晨 马桂琴
• 来源期刊: 世界中西医结合杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 银屑病关节炎 GEO数据库 R语言 差异基因 分子对接 反向查找
• 年，卷（期）: 2021,（11）
• 所属期刊栏目: 文献研究
• 页码范围: 1980-1984
• 页数: 5页
• 分类号: R758.63|R684.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.13935/j.cnki.sjzx.211104

摘要

目的 基于生物信息学技术挖掘银屑病关节炎相关基因集,将该基因集在Connectivity Map(CMAP)药物表达谱数据库中匹配出潜在治疗化合物,再利用TCMSP中药数据库,反向查找出含有潜在治疗化合物的中药,并通过文献及临床佐证进行治疗银屑病关节炎的药物及组方.方法 从基因表达综合(Gene Expres-sion Omnibus,GEO)数据库中下载银屑病关节炎基因芯片数据,运用R语言软件筛选差异上调和下调基因,采用Cytoscape软件构建PPI网络.将银屑病关节炎相关的差异上调和下调基因集,通过Connectivity Map数据库匹配出具有潜在治疗的化合物,再进一步将该化合物通过TCMSP数据库查找相关中药,进行后续中药组方.结果 通过检索GEO数据库确定序号为GSE61281的银屑病关节炎基因芯片数据集,利用R语言分析筛选出与银屑病关节炎相关的269个差异基因,其中上调基因192个、下调基因77个,通过Connectivity Map数据库匹配到1169个潜在治疗化合物,根据化合物匹配得分筛选出,排名靠前的候选化合物11个,并将该候选化合物在TCMSP数据库反向查找出16味中药,其中10味中药可从古籍及临床验案记录中得到佐证,提示了其作为新组方依据的可能性.结论 利用生物信息学方法分析出银屑病关节炎相关基因集,并匹配出潜在治疗化合物.运用反向匹配法,进行中药组方,探索中医药治疗新的思路与方法,为分子、动物甚至临床验证实验指明了方向.