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利用生物信息学分析圆锥角膜差异表达基因及蛋白相互作用的研究
利用生物信息学分析圆锥角膜差异表达基因及蛋白相互作用的研究
作者:
曹瑾
郝静芳
田川
童路遥
张红葵
杨路
许素玲
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
圆锥角膜
基因表达差异
细胞外基质
摘要:
目的 利用生物信息学对圆锥角膜与正常角膜间差异基因进行分析,探索圆锥角膜的发病机制.方法 从基因表达数据库(GEO)中下载RNA-Seq数据集(圆锥角膜组织样本、正常角膜组织样本各25例),利用R语言limma包筛选圆锥角膜组织和正常角膜组织的差异表达基因(筛选差异基因的标准|logFC|>1.5,adjP value<0.05);利用Cluster Profiler进行GO富集分析和KEGG通路分析,利用STRING和Cytoscape构建差异基因的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并筛选出核心基因.结果 通过差异分析得到394个差异基因,其中54个基因表达上调,340个基因表达下调;GO分析显示差异表达基因主要参与细胞外基质、细胞外结构组织等生物学过程;KEGG分析显示多条信号通路与T细胞受体信号调控过程相关.PPI网络互作分析筛选出10个核心基因,分别为HLA-DRA、HLA-C、HLA-DRB5、HLA-F、HLA-DQB1、HLA-DQA2、HLA-DRB1、HLA-B、HLA-DPA1、HLA-DQA1.结论 细胞外基质、T细胞受体信号调控等在圆锥角膜发病过程中发挥重要的作用.
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内容分析
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文献信息
篇名
利用生物信息学分析圆锥角膜差异表达基因及蛋白相互作用的研究
来源期刊
现代实用医学
学科
关键词
圆锥角膜
基因表达差异
细胞外基质
年,卷(期)
2021,(6)
所属期刊栏目
临床研究
研究方向
页码范围
752-753,830
页数
3页
分类号
R772.2
字数
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1671-0800.2021.06.023
五维指标
传播情况
被引次数趋势
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节点文献
圆锥角膜
基因表达差异
细胞外基质
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
现代实用医学
主办单位:
宁波市医学会
出版周期:
月刊
ISSN:
1671-0800
CN:
33-1268/R
开本:
大16开
出版地:
浙江省宁波市迎凤街25号
邮发代号:
32-121
创刊时间:
1994
语种:
chi
出版文献量(篇)
15292
总下载数(次)
5
总被引数(次)
41560
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