基于生物信息学构建骨肉瘤miRNA-mRNA的调控网络

• 作者: 卢智贤 容伟明 梅其杰 段戡 袁长深 郭锦荣
• 来源期刊: 中国组织工程研究
• 学科: 医学
• 关键词: 骨 骨肉瘤 生物学分析 RNA miRNA mRNA 基因 蛋白 靶向
• 年，卷（期）: 2021,（17）
• 所属期刊栏目: 组织工程相关大数据分析
• 页码范围: 2740-2746
• 页数: 7页
• 分类号: R459.9|R318|R738.1
• 语种: 中文

摘要

背景:骨肉瘤是常见的原发性恶性肿瘤,其极易转移及预后较差;miRNA调控基因的表达参与骨肉瘤的发生与发展,但其潜在的miRNA-mRNA调控网络尚未全面建立.目的:通过生物学分析方法,构建骨肉瘤发病机制中潜在miRNA-mRNA调控网络,以便更全面地阐明骨肉瘤的发病机制.方法:从GEO数据库获取miRNA微阵列数据集(GSE65071),利用GEO2R对20个骨肉瘤血浆样本和15个健康者血浆样本的数据进行差异表达分析,筛选出在骨中有靶向基因的差异表达miRNA,并预测差异表达miRNA潜在转录因子.同时,从GEO数据库获得GSE16088数据集并在线分析获取差异表达基因,将靶基因与差异表达基因交集获得目标基因.最后,对目标基因进行GO注释和KEGG通路富集分析,构建PPI网络和筛选出关键基因,进一步评估关键基因的表达.结果与结论:共筛选出8个上调差异表达miRNA和14个下调差异表达miRNA,其主要转录因子有EGR1、POU2F1、SP1、SP4、NFIC、LHX3.22个差异表达miRNA靶基因与差异表达基因交集共获得110个目标基因.KEGG途径分析显示目标基因主要涉及细胞衰老、Apelin信号通路和癌症中的蛋白聚糖等途径.PPI网络分析显示CCNB1、AURKA、CD44较为重要.结果 显示,通过构建骨肉瘤发病相关潜在miRNA-mRNA调控网络,为深入研究骨肉瘤分子机制提供理论基础,也为开发新的治疗靶标提供科学依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	段戡		61	459	13.0	17.0
2	梅其杰		34	268	10.0	15.0
3	郭锦荣		18	140	6.0	11.0
4	袁长深		52	428	13.0	17.0
5	容伟明		1	0	0.0	0.0
6	卢智贤		3	0	0.0	0.0