射干叶绿体基因组结构、序列特征与系统发育分析

• 作者: 蒋明 王军峰 朱晏 黄雯馨 应梦豪 马佳莹 戴晨宇
• 来源期刊: 中草药
• 关键词: 射干 叶绿体基因组 结构 序列分析 鸢尾科
• 年，卷（期）: 2021,（13）
• 所属期刊栏目: 药材与资源|Medicinal Materials
• 页码范围: 4039-4046
• 页数: 8页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2021.13.027

摘要

目的 以射干Belamcanda chinensis为材料,在测序、组装获得叶绿体基因组的基础上,明确其结构、序列特征及系统发育关系.方法 利用PE150双末端策略进行建库测序,用NOVOPlasty组装完整的叶绿体基因组,经PCR验证边界,借助生物信息学工具进行序列分析和系统发育研究.结果 射干的叶绿体基因组全长为153 816 bp,大单拷贝区、反向重复区和小单拷贝区的长度分别为83 143、26 214、18 245 bp.射干叶绿体基因组共有133个基因,编码基因、tRNA和rRNA的数量分别为92、38和8;ycf1有2个拷贝,其中一个为假基因.系统发育分析结果表明,7种植物叶绿体基因组在发育树上可分为4组,射干与同为鸢尾科的溪荪聚为一组,支持率达100％.结论 射干叶绿体基因组的组装、序列分析和系统发育分析,为该药用植物的遗传结构和遗传多样性研究奠定了基础.