基于生物信息学对NK细胞抑制肝细胞癌发生发展潜在关键基因的筛选和鉴定

• 作者: 赵文迪 田健 周建炜
• 来源期刊: 山东医药
• 关键词: 肝细胞癌 自然杀伤细胞 生物信息学 关键基因 信号通路
• 年，卷（期）: 2021,（28）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1-4
• 页数: 4页
• 分类号: R735.7
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2021.28.001

摘要

目的 基于生物信息学探讨和筛选自然杀伤(NK)细胞抑制肝细胞癌(HCC)发生发展过程中的关键基因及相关的信号通路.方法 在美国国立生物技术信息中心公共数据平台基因表达组学数据库(GEO)下载基因芯片数据GSE120123,从中选取4个关于NK细胞的样本,其中2个样本来自正常肝组织,2个来自HCC组织.分析其差异表达基因(DEGs),输入DAVID数据库进行基因本体学(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析,用Cyto-scape软件构建蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用STRING和Cytoscape进行模块分析,通过CytoHubba插件筛选关键基因.结果 共鉴定出317个DEGs(218个下调基因及99个上调基因).GO及KEGG分析结果表明,白细胞细胞黏附、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的负调控、细胞黏附分子、Rap1信号传导途径、细胞因子—细胞因子受体相互作用、趋化因子信号传导等信号途径参与到NK细胞抑制HCC的发生发展过程中.PPI网络由268个节点和242个边组成.最终选择出4个关键基因:CCR1、CCR5、CXCR6和CXCL12.结论 NK细胞抑制HCC发生发展过程中的潜在关键基因为CCR1、CCR5、CXCR6和CXCL12.