1株高产几丁质脱乙酰酶红球菌的基因组测序及其应用潜力分析

• 作者: 肖宇 刘洋 刘建军 卢海强 桑亚新 孙纪录
• 来源期刊: 食品科学
• 关键词: 几丁质脱乙酰酶 红球菌 几丁质 基因组
• 年，卷（期）: 2021,（18）
• 所属期刊栏目: 生物工程|Bioengineering
• 页码范围: 157-163
• 页数: 7页
• 分类号: TS201.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.7506/spkx1002-6630-20200707-092

摘要

为高效利用虾蟹壳资源,推动壳聚糖的几丁质脱乙酰酶法生产,采用Illumina测序技术,对1株高产几丁质脱乙酰酶的红球菌菌株11-3进行基因组测序,并进行系统的生物信息学分析,主要包括基因本体论(Gene Ontology,GO)、直系同源群集(Cluster of Orthologous Group,COG)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)功能注释,碳水化合物活性酶注释以及几丁质降解相关酶基因的生物信息学分析.研究发现,红球菌11-3的基因组为6089866?bp,共5904个编码基因,GC含量为70.514％.经碳水化合物活性酶注释共识别了165个基因,包括59个碳水化合物酯酶基因,42个糖基转移酶基因,36个糖苷水解酶基因和28个辅助氧化还原酶基因,其中,鉴定出1个几丁质脱乙酰酶基因(gene4907),4个几丁质酶(EC?3.2.1.14)基因(gene1286、gene1287、gene3810、gene4754)和2个壳聚糖酶(EC?3.2.1.132)基因(gene4921、gene5362).gene4907与已报道的几丁质脱乙酰酶基因的序列一致性为26.60％～32.43％,为一种新的几丁质脱乙酰酶.因此,红球菌11-3菌株在几丁质资源的开发领域具有极大潜力.