基于生物信息学方法分析颈动脉粥样硬化的关键通路和枢纽基因

• 作者: 李先芳 林璋
• 来源期刊: 当代医学
• 关键词: 生物信息学 颈动脉粥样斑块 差异基因 基因富集 枢纽基因
• 年，卷（期）: 2021,（15）
• 所属期刊栏目: 论著|Article
• 页码范围: 6-8
• 页数: 3页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-4393.2021.15.003

摘要

目的 利用生物信息学分析初步探索颈动脉粥样硬化进展的枢纽基因和关键通路.方法 从GEO数据库获得颈动脉斑块的基因表达谱GSE43292数据集,利用GEO2R分析颈动脉斑块和正常组织的差异基因,利用R语言clusterprofile包对差异基因进行GO富集分析和KEGG功能富集分析.利用STRING工具和Cytoscape构建蛋白互作网络,并筛选关键基因.结果 GEO2R分析GSE43292数据集共含有97个差异基因,包括46个上调基因和51个下调基因;基因富集分析发现差异基因主要富集cAMP信号通路、色氨酸代谢、PPAR信号通路等相关通路.差异基因蛋白互作网络的枢纽基因为CD163、MMP9、CXCL10、CCR1.结论 CD163、MMP9、CXCL10、CCR1为颈动脉斑块形成的枢纽基因,可能为动脉粥样斑块的预后和治疗提供新的分子靶点.