四川山鹧鸪的转录组组装和注释

• 作者: 刘乙 何乐为 兰月 周闯 陈本平 岳碧松 孟杨
• 来源期刊: 四川动物
• 学科: 生物学
• 关键词: 四川山鹧鸪 转录组 组装 注释
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 24-29
• 页数: 6页
• 分类号: Q959.7
• 语种: 中文
• DOI: 10.11984/j.issn.1000-7083.20210194

摘要

四川山鹧鸪Arborophila rufipectus是中国特有的珍稀濒危鸟类.本研究对1只成年雄性四川山鹧鸪个体的心脏、肝脏和肾脏进行了转录组测序、组装和注释.其原始序列过滤后分别产生了5.70 G、4.60 G和5.16 G数据.286661条转录本经过Trinity组装并去掉冗余后共得到234488个基因.BUSCO评估组装完整性为97.6％.81.29％的unigenes不包含开放阅读框(ORF),16.43％的包含1个ORF,而2.28％的包含2个及以上ORF.70737个基因在NR、GO、KEGG、Swiss和COG数据库获得注释结果,占比30.17％,其中NR数据库的注释结果占比最高(29.27％),而COG数据库的注释结果最低(4.37％).5个数据库共同注释到的基因6998个,NR数据库中单独注释到的基因最多(23773个).本研究为四川山鹧鸪功能基因的挖掘提供了基础数据,并为保护该物种提供了遗传数据.