基因表达对膀胱癌生存结局的预测:稀疏与混合Cox模型的实证比较研究

• 作者: 陆皓杰 曾平 黄水平
• 来源期刊: 中国卫生统计
• 学科: 医学
• 关键词: 线性混合模型 Cox模型 基因表达 预后预测 膀胱癌
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 25-30
• 页数: 6页
• 分类号: R737.14
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-3674.2022.01.005

摘要

目的 研究稀疏Cox(coxlasso)与混合Cox模型(coxlmm)在全基因表达数据中对膀胱癌预后的预测表现.方法 通过计算一致性指数(C-index)评价两种模型在膀胱癌全基因表达数据中(TCGA,GSE31684和GSE13507)的预测精度,同时在混合Cox模型中将膀胱癌的生存方差划分为临床(PCE)和转录组(PGE)两部分.结果 当TCGA数据集为训练集时,coxlmm预测能力(C-index=0.676)高于coxlasso(C-index=0.655),两者在外部验证集的C-index分别为0.527和0.534.当三个合并数据集为训练集时coxlmm(C-index=0.671)比coxlasso(C-index=0.650)的预测精度提高2.1％.当GSE31684为训练集时,coxlmm(C-index=0.553)比coxlasso(C-index=0.550)的预测精度提高0.3％,两个模型在外部验证集上的C-index分别为0.632和0.633.生存方差划分表明膀胱癌的临床贡献高于转录组的贡献(PCE=14.95％,PGE=10.88％).结论 成功构建了一种用于膀胱癌的预后预测的coxlmm模型,揭示了整合全转录组信息可在一定程度上提高膀胱癌预后预测能力.