葡萄膜黑色素瘤生存预后相关lncRNA的初步筛选及相关性分析

• 作者: 尚会平 林祥祥
• 来源期刊: 中华眼视光学与视觉科学杂志
• 关键词: 葡萄膜黑色素瘤 长链非编码RNA 内源竞争RNA
• 年，卷（期）: 2022,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 208-215
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn115909-20210513-00193

摘要

目的：:通过构建lncRNA-miRNA-mRNA的内源竞争RNA（ceRNA）网络，筛选与葡萄膜黑色素瘤（UM）生存预后相关的长链非编码RNA（lncRNA），并进行相关性分析。方法：:以生物信息学为手段，通过疾病预后相关分析，LncRNA亚细胞定位检索，从肿瘤基因组图谱数据库中筛选lncRNA表达数据集。通过mircode数据库和targetscan数据库找到lncRNAs对应的靶microRNA（miRNA），Venn分析筛选出共同的与UM预后相关的miRNA。在多个数据库中同时检索，筛选出共同的miRNA-mRNA。通过KEGG富集与lncRNA-miRNA-mRNA网络可视化，最终确定出与UM生存预后相关的候选lncRNA。结果：:在对lncRNA的下游靶miRNA及功能基因的预测中，鉴定出了630对候选miRNA-mRNA。通过ceRNA调控基因表达的机制，筛选出了9个可能发挥ceRNA功能的lncRNA。KEGG分析得到lncRNA的下游调控基因主要富集在参与肿瘤病理进程的信号通路中。SHNG6可能通过调控has-miR-214-5p、has-miR-214-3p、has-miR-let-7b-5p、has-miR-let-7c-3p等miRNAs，调节下游的功能基因 BAX、 IGF1R、 KRAS、 PIK3R1、 PDGFD等。 结论：:lncRNAs通过ceRNAs机制，调控一系列参与肿瘤发生发展的致癌基因的表达，影响UM的预后及治疗，SHNG6、LINC01278等lncRNAs可能在其发生发展、迁移及侵袭等方面扮演着重要角色。