原发性骨质疏松症相关核心基因的生物信息学分析

• 作者: 杨洋 薛建华 虞俊波 顾琪琪 张亚峰 刘佳佳
• 来源期刊: 中国骨质疏松杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 原发性骨质疏松症 生物信息学 蛋白互作网络 核心基因
• 年，卷（期）: 2022,（3）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 397-402
• 页数: 6页
• 分类号: R681.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-7108.2022.03.017

摘要

目的 分析与原发性骨质疏松症(osteoporosis,OP)发病相关的差异表达基因,筛选OP治疗潜在药物靶点.方法 从公共基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)下载OP相关芯片数据,利用R软件对数据进行标准化处理后,筛选差异基因,对差异基因进行GO功能和KEGG通路富集分析、蛋白相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)分析和核心基因的筛选.结果 共筛选出差异基因569个,其中下调基因562个,上调基因7个.同时差异基因GO分析,主要富集为前体mRNA内含子结合、核体、组蛋白修饰、mRNA 3'端加工和调控结合等,而KEGG分析主要涉及的是泛素介导蛋白水解信号通路(hsa04120).PPI网络分析共有517个节点和363条连线.Cytoscape软件根据PPI分析数据筛选出了TCEB1、CUL2、KBTBD6、KBTBD7、ASB8、KLHL42、ASB5、FBXO11、ANAPC10、CDC23这10个核心基因,这些核心基因在OP患者股骨头组织的间充质干细胞中全部表达下调.结论 筛选出的差异基因和相关信号通路有助于理解OP发病的分子机制,同时为临床药物治疗OP的研究提供新思路.