木屑处理迷宫栓孔菌Zn(Ⅱ)-Cys(6)转录因子差异表达分析

• 作者: 李姝璇 池玉杰
• 来源期刊: 菌物学报
• 关键词: 迷宫栓孔菌 转录组 Zn(Ⅱ)-Cys(6)转录因子 生物信息学
• 年，卷（期）: 2022,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文|Research papers
• 页码范围: 546-560
• 页数: 15页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13346/j.mycosystema.210397

摘要

Zn(Ⅱ)-Cys(6)蛋白是一类仅存在于真菌中的锌指转录因子,其在迷宫栓孔菌(曾用名"偏肿革裥菌")Trametes gibbosa中的相关研究较少.本研究对木屑处理后的迷宫栓孔菌进行转录组测序分析,以期挖掘到差异表达的Zn(Ⅱ)-Cys(6)转录因子,为后续进一步对其功能的分析提供支持.首先,对在木屑处理下的T.gibbosa木质素降解酶进行了酶活检测,确认迷宫栓孔菌能有效降解木质素.之后,用木屑分别处理迷宫栓孔菌0、3、5、7和11 d,提取菌丝总RNA,利用高通量测序技术对这5个菌丝样本进行了转录组测序分析.通过COG、GO、Pfam和Swiss等数据库进行功能注释分析,鉴定出迷宫栓孔菌中全部的Zn(Ⅱ)-Cys(6)家族转录因子基因,并进一步筛选出7个差异表达基因.进一步又对这7个差异基因的表达及蛋白结构进行了分析,绘制表达趋势热图,同时也对其理化性质,二、三级结构,疏水性等生物学特性进行了预测.通过构建系统发育树、预测Motif序列等初步分析了它们的进化关系及特性.最后,对这7个基因又利用RT-qPCR技术,进一步验证了转录组测序的结果.本研究从转录水平分析并鉴定出在木屑处理条件下迷宫栓孔菌中7个差异表达的Zn(Ⅱ)-Cys(6)转录因子,研究结果将对后续研究迷宫栓孔菌中Zn(Ⅱ)-Cys(6)转录因子的功能和表达调控机制有重要的参考价值.