结直肠癌RNA结合蛋白相关长链非编码RNA预后模型的构建与应用

• 作者: 刘娟 彭洪 吴洪 柏丹 舒子龙 屈艳 敬剑英 杨淑娟
• 来源期刊: 西部医学
• 学科: 医学
• 关键词: 结直肠癌 RNA结合蛋白 长链非编码RNA 预后模型构建 生存分析
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 临床医学研究|Clinical Medical Research
• 页码范围: 115-122,127
• 页数: 9页
• 分类号: R735+5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-3511.2022.01.022

摘要

目的 构建RNA结合蛋白(RBP)相关长链非编码RNA(IncRNA)预后模型,为临床预测结直肠癌(CRC)患者的生存提供指导.方法 分析TCGA数据库中的398例结直肠癌组织标本及39例正常对照样本的数据,从EBI-CA网站(https://ebiac.uk/GOA/)获取RBP相关基因列表.应用R软件分析RBP相关基因的差异表达基因,GO富集分析对RBP相关基因的差异表达基因进行功能注释,采用相关性分析筛选与RBP基因相关的IncRNA.采用R软件caret程序包将筛选后的355例CRC样本按50％ 与50％ 的比例随机分为训练集及验证集.单因素Cox回归分析筛选与预后相关的RBP相关IncRNA,LASSO Cox回归分析方法用于确定最佳预后RBP相关IncRNA并构建预后模型.使用多因素Cox回归系数计算风险评分,分析低风险组和高风险组风险评分与CRC患者临床特征及总体生存时间的关系,并使用验证集进行验证.结合独立预后因素构建诺模图预测结直肠癌患者1、2、3年生存率,建议标准曲线进行验证.结果 RBP相关基因差异表达基因中,327个基因表达上调,166个基因表达下调.994个IncRNA被鉴定为RBP相关IncRNA(R2>0.4,P<0.001),其中29个IncRNA具有预后价值.3个RBP相关IncRNA(LINC02474,NKILA,ZEN1-AS1)与CRC患者的总体生存率显著相关,用于构建预后模型.高风险组和低风险组结直肠癌患者总体生存率存在明显差异(P<0.05),并且包含年龄、性别、分级、TNM分期和风险高低的诺模图可有效预测CRC患者的长期生存率.结论 LINC02474、NKILA、ZEN1-AS1这3个RBP相关IncRNA预后模型对CRC具有预后判断价值,在CRC的发病机制中可能发挥着重要作用.