子宫内膜异位症患者细胞外基质相关基因筛选的生物信息学分析

• 作者: 李楠 陈蕾 许天敏 张琨
• 来源期刊: 吉林大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 子宫内膜异位症 生物信息学 核心蛋白聚糖 双链蛋白聚糖 巢蛋白2 血小板反应蛋白2
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 临床研究|Research in clinical medicine
• 页码范围: 188-194
• 页数: 7页
• 分类号: R711.71
• 语种: 中文
• DOI: 10.13481/j.1671‑587X.20220123

摘要

目的:通过生物信息学工具筛选子宫内膜异位症(EMS)相关的差异表达基因(DEGs),为阐明EMS的病因提供理论依据,为EMS的诊断和治疗开辟新的研究方向.方法:从基因表达汇编(GEO)数据库检索"endmetriosis",下载涉及EMS组织和正常子宫内膜组织的高通量芯片数据集GSE25628,GSE23339和GSE7305.使用GE02R在线分析工具筛选EMS组织和正常子宫内膜组织的DEGs,使用基因本体功能注释(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对DEGs进行功能及通路富集分析,利用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络,最后通过Cytoscape软件对PPI网络进行可视化并筛选核心基因.结果:分析确定了27个上调DEGs和43个下调DEGs.GO富集分析,DEGs主要富集于细胞外基质、细胞外空间和细胞外区域等方面;KEGG通路分析,DEGs主要富集于磷酸肌醇代谢信号通路.通过STRING数据库和Cytoscape软件共筛选出核心蛋白聚糖(DCN)、上皮细胞黏附分子(EPCAM)、双链蛋白聚糖(BGN)、脂肪酸结合蛋白4(FABP4)、神经酪氨酸激酶受体2(NTRK2)、磷脂酰肌醇聚糖3(GPC-3)、表皮生长因子受体3(ERBB3)、分化抗原簇蛋白24(CD24)、巢蛋白2(NID2)和血小板反应蛋白2(THBS2)连接度最高的前10个核心基因,其中DCN、BGN、NID2和THBS24种基因与细胞外基质的生物学功能有密切关联.结论:细胞外基质相关基因失调可能在EMS发生发展过程中起重要作用,且细胞外基质相关基因可能成为EMS早期诊断的生物标志物及治疗靶点.