水生野生保护动物是水生生态系统中的重要组成部分。文章利用CiteSpace文献可视化软件分析了Web of Science(WoS)核心数据库和中国知网(CNKI)全文数据库中2001—2020年水生野生保护动物相关的文献,对年度发文量、合作机构、国家合作和关键词聚类进行知识图谱分析。研究发现:近20年共发表外文文献634篇,发文量总体呈上升趋势,中文文献128篇,总体呈水平波动趋势;国外发文量最多的机构是美国鱼类及野生动植物管理局,研究机构间合作较为紧密,国内发文量最多的机构是青海省渔业环境监测站,研究机构间的合作分散;美国发文量占比为58.20%,与其他国家交流最为密切,中国发文量占比仅为3.31%,与国际合作关系不紧密;国外的研究热点主要是种群动态分布、栖息地利用和遗传多样性等,海洋与淡水物种均有研究;国内的研究热点主要是区域性保护措施,主要以淡水水生野生保护动物的研究为主,研究范围存在局限性。综合分析认为,我国应增进国内外研究机构间的交流与合作,重视海洋濒危水生野生动物的保护与研究,加强种群动态评估,开展国内对水生野生保护动物栖息地利用与遗传多样性分析的研究,从而实现水生野生保护动物种群的恢复。