黑番鸭就巢性状差异miRNAs筛选及功能预测

• 作者: 李丽 章琳俐 Nemat O.KEYHANI 辛清武 缪中纬 朱志明 邱君志 郑嫩珠
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 黑番鸭 就巢 卵巢 miRNA 靶基因
• 年，卷（期）: 2022,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告|Articles and Letters
• 页码范围: 726-738
• 页数: 13页
• 分类号: S813.22
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2022.04.011

摘要

黑番鸭(Cairna moschata)是优良的瘦肉型肉鸭,耐旱、耐粗饲,在养禽业中具有重要价值和特殊地位;但是就巢性强、繁殖力低,严重制约其产业发展.本研究分别采集就巢期和产蛋期各3只黑番鸭的卵巢组织,以TRIzol法提取卵巢组织总RNA,构建文库并分析2组miRNA的差异表达;随后对miRNA进行靶基因预测,并对靶基因进行GO和KEGG分析;最后通过qPCR验证高通量测序结果的可靠性.结果显示,测序产出的原始数据(raw reads)均超过11099443条,过滤后序列所占比例均高于96.15％,可用于后续分析;经比对鉴定获得344个miRNAs,包括275个已知miRNAs和69个新发现的miRNAs;与产蛋期比较,就巢期黑番鸭卵巢组织中筛选到16个差异miRNA,其中5个上调、11个下调,并预测到440个靶基因,其中生长激素促分泌素受体(growth hormone secretagogue receptor,GHSR)、卵泡抑素(follistatin,FST)等靶基因与繁殖及卵巢发育相关,推测其对应的gga-miR-16c-5p、gga-miR-146a-3p、novel_247、novel_325等miRNAs可能与黑番鸭就巢性状相关;GO富集分析表明,与繁殖发育相关的过程有染色体组织(chromosome organization)、核染色体(nuclear chromosome)、纺锤体微管(spindle microtubule)、核酸结合(DNA binding)和核苷酸激酶活性(nucleotide kinase activity)等;KEGG通路注释结果显示,234个靶基因注释到101个信号通路上,包括Wnt和胰岛素信号通路等可能与生殖细胞增殖分化及发育相关的通路.qPCR验证结果显示,上调和下调miRNAs的相对表达量变化趋势均与高通量测序结果一致.本研究筛选了黑番鸭就巢性状关键miRNAs,为从转录或转录后调控层面分析黑番鸭就巢机制、加快高产新品系的选育提供基础资料.