水稻基因组任意区间InDel标记开发方法

• 作者: 孙玥 杨秀荣 郭彦丽 李军玲 李月娇 孙淑琴 路信 刘燕清 佟卉 孙林静 刘静妍 张融雪 王晓静 苏京平 王胜军 赵习朴 闫双勇
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 水稻 分子标记开发 高通量测序 QTL定位(QTL-seq) InDel标记 多态频率
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 34-39
• 页数: 6页
• 分类号: S511.01
• 语种: 中文
• DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2022.01.006

摘要

基于极端表型单株高通量测序的定位方法QTL-seq已成为植物QTL分析的一种主要方法.继QTL-seq分析后,对目标QTL定位区间进行分子标记开发时,由于目标区间大,所含变异位点多,特定区间的分子标记开发仍是一件较繁琐的事.为提高特定区间分子标记开发的效率,本研究建立了基于高通量测序数据基础的特定脚本程序,可简单快速地完成水稻基因组任意区间的InDel标记开发.本研究开发了来自7个不同作图群体和染色体区间的有8 bp以上片段长度差异的InDel标记708个,平均每17.6 kb有1个InDel标记;对95个标记进行试验验证,总体多态频率为63％.本研究建立的方法在水稻及其他已测序的植物重要农艺性状控制QTL的分子标记辅助育种、精细定位和图位克隆中有重要应用价值.