基因共表达网络分析及蛋白质相互作用筛选核分裂周期蛋白80与肺腺癌分期及预后的相关性

• 作者: 杨芳 李济民 袁伟奇 罗以勤
• 来源期刊: 安徽医药
• 关键词: 腺癌 细支气管肺泡 基因共表达网络分析 蛋白质相互作用 核分裂周期蛋白80
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 临床医学|Clinical Medicine
• 页码范围: 254-257
• 页数: 4页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-6469.2022.02.011

摘要

目的 通过基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analaysis,WGCNA)及蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)识别肺腺癌发生发展中的枢纽基因.方法 从TCGA数据库中下载497例肺腺癌组织和54例正常肺组织的RNA-seq表达矩阵及配套临床信息.利用R语言的DESeq2软件包进行差异基因表达分析.随后通过WGCNA筛选出枢纽模块,PPI分析鉴定出枢纽基因.最后使用GEIPA数据库验证枢纽基因与肿瘤分期、预后的关系.结果 通过DESeq2分析得到1904个差异基因.通过构建共表达网络,确定棕色和蓝色模块为枢纽模块,PPI分析筛选得到核分裂周期蛋白80(nu-clear division cycle 80,NDC80)为枢纽基因.GEIPA数据库验证结果显示NDC80基因与肿瘤的分期相关(F=3.58,P<0.05),且NDC80基因高表达与肿瘤的总生存期较差有明显相关(HR=1.6,P<0.05).结论 通过构建WGCNA及PPI分析得到枢纽基因NDC80,且NDC80基因的高表达与肿瘤的分期及预后密切相关.提示NDC80基因有望成为肺腺癌预后的生物学标志物.