大刺鳅基因组中微卫星分布特征分析

• 作者: 谢佳燕 唐晟 孙赫英
• 来源期刊: 南方农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大刺鳅 基因组 微卫星 染色体 功能注释
• 年，卷（期）: 2024,（9）
• 所属期刊栏目: 水产生物技术与遗传育种
• 页码范围: 52-59
• 页数: 8页
• 语种: 中文

摘要

【目的】通过查找和分析大刺鳅基因组中微卫星序列的分布规律及特征，为开展大刺鳅种质资源评估和分子标记辅助育种提供理论基础。【方法】基于大刺鳅基因组序列数据，采用MISA挖掘微卫星信息，利用生物信息学方法分析大刺鳅基因组中微卫星序列的分布规律及组成特征。【结果】从大刺鳅基因组中共筛选获得19020个微卫星，其中16025个为完全型微卫星；分布于2号染色体上的微卫星数目最多，24号染色体上的微卫星数目最少，分别占微卫星总数的10.26%和1.94%；单核苷酸为数目最多的微卫星，六核苷酸的最少。在完全型微卫星中，数目最多的前4种基元类型依次是A/T、AC/GT、G/C和AG/CT，分别占微卫星总数的37.82%、29.57%、6.88%和6.77%。微卫星基元重复次数的分布范围在5～104次，主要发生在重复5～6次和10～11次。微卫星长度区间为10～192 bp，主要分布在10～36 bp，占其总数的92.46%；微卫星数目最多的长度为12 bp，占其总数的15.22%。Pearson相关分析结果表明，大刺鳅微卫星长度与其数目呈极显著负相关（P<0.01）。GO功能注释分析结果发现，微卫星的基因主要富集到生物学过程、分子功能和细胞组分3个类群，富集最显著的条目为细胞核。【结论】利用基因组数据筛选大刺鳅基因组中微卫星可用性高且具有较高的多态性潜能，可为高效开发微卫星分子标记提供遗传学数据。