细菌和真菌作为土壤主要微生物类群,在荒漠草原生态系统中随自然降水梯度变化的响应是否一致仍不清楚。为揭示自然降水变化对土壤细菌和真菌群落的影响机制,选取多年平均降水量为231(T0),154(T1),137(T2)和114 mm (T3)的4个宁夏荒漠草原国家监测点作为观测样地。基于IonS5TMXL高通量测序方法,开展了降水变化对荒漠草原土壤细菌和真菌群落的影响差异研究。结果表明:荒漠草原土壤细菌总OTUs、真菌总OTUs总体上表现为随降水梯度的下降呈先上升后下降趋势。荒漠草原土壤细菌类群的主要优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria),土壤真菌类群的主要优势菌门为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota)。降水变化对细菌优势菌门(变形菌门、放线菌门、酸杆菌门)和部分非优势菌门[疣微菌门(Verrucomicrobia)]相对丰度影响显著(P<0.05);真菌优势菌门(子囊菌门、担子菌门)相对丰度受降水变化影响不显著,但非优势菌门[球囊菌门(Glomeromycota)]的相对丰度受降水变化影响显著(P<0.05)。与T0处理相比,T1、T2和T3处理下细菌和真菌的丰富度指数(Chao1指数和ACE指数)显著升高,细菌群落的Shannon-Wiener多样性指数也显著升高,但真菌的Shannon-Wiener多样性指数无显著变化。驱动细菌群落变化的环境因子为土壤全氮和速效磷,驱动真菌群落变化的环境因子为土壤全磷和有机质。植被因子(生物量)和土壤因子(土壤养分)共同参与解释了降水变化对荒漠草原土壤细菌群落和真菌群落的调控过程,其中土壤因子起主导作用。研究结果表明,土壤细菌和真菌群落对生物和非生物因子的变化有不同的响应机制,反映了荒漠草原土壤微生物应对降水变化具有不同的适应策略。