口蹄疫病毒基因组内部核糖体进入位点一级和二级结构分析

• 作者: 刘在新 常惠芸 张显升 李冬 江鹏斐 谢庆阁 赵启祖 陈应理 魏怀录
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 农学
• 关键词: 口蹄疫病毒China/99株 参考毒株 内部核糖体进入位点(IRES) 一、二级结构
• 年，卷（期）: 2002,（2）
• 所属期刊栏目: 人与动物病毒
• 页码范围: 142-148
• 页数: 7页
• 分类号: S852.659.6|Q343.1
• 字数: 4699字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-8721.2002.02.009

摘要

以口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)强毒China/99株牛舌水泡皮为材料,用RT-PCR法提取RNA及扩增目的cDNA,然后与pGEM-T Easy载体连接并转化JM109菌株,再经重组质粒电泳、PCR和EcoRI酶切鉴定.用DNAstar软件比较了内部核糖体进入位点(IRES)的序列差异,并用RNAdraw软件绘制和分析了该区段的二级结构.8株FMDV IRES核苷酸序列比较表明该区段较为保守,并对非保守区域进行了分析.二级结构分析表明,FMDV IRES至少有3种二级结构图形:第一型有5个结构域,与Pilipenko等报道的一致;第二和三型分别有6和11个结构域,与Pilipenko等报道的结果不同.无论FMDV IRES二级结构如何不同,但单链区大部分核苷酸序列或基序相同,如AACUCC、GAAA、CUUU、AGG、AACC、GUAA等.茎环柄部核苷酸对维持二级结构的空间构像具有十分重要的作用,环中或单链区序列(基序)在维持其功能方面具有很重要的作用,如GAAA和CUUU基序分别是三级结构的组件和嘧啶区结合蛋白的结合位点.