口蹄疫病毒基因组3'末端序列扩增及分析

• 作者: 夏俊 李金娜 汪萍 沙依兰·卡依扎 王延 米晓云 苗书魁 陆桂丽 马文戈 魏婕 魏玉荣 黄炯
• 来源期刊: 新疆农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 口蹄疫病毒 基因组 3'末端 Poly(A)
• 年，卷（期）: 2018,（11）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·草业
• 页码范围: 2150-2156
• 页数: 7页
• 分类号: S855
• 字数: 4970字
• 语种: 中文
• DOI: 10.6048/j.issn.1001-4330.2018.11.023

摘要

[目的]扩增口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)O/Akesu/58 CE39A株基因组3'末端序列,并对其核苷酸序列进行分析,为FMDV反向遗传学研究奠定基础.[方法]采用普通PCR法和3'RACE法扩增FMDV基因组3'末端序列,利用分子生物学软件对该序列进行分析.[结果]扩增了口蹄疫病毒基因组3'末端序列,3'UTR长98 nt,Poly(A)长度不同(19、23、24、25、27、29、43).3'UTR序列二级结构含有2个茎环结构,分别位于8101～8140和8146～8190 nt.O/Akesu/58 CE39A株3'UTR序列与参考毒株O/MAY/3/2014(GenBank登录号:KY322672)和O/IND26(54)/2014(GenBank登录号:KJ825807)的核苷酸序列同源性最高,均为89.8％.[结论]普通PCR法和3'RACE法均可扩增出3'末端序列.同一毒株的亚克隆,其Poly(A)长度与基因扩增时所用方法有关.不同毒株的Poly(A)长度不同,可能是毒株本身属性,也有可能是由扩增方法不同造成.Poly(A)要么扩增成功后其长度不同,要么扩增失败.失败的原因可能是3'末端结构复杂,难于扩增.