常规PCR法扩增口蹄疫病毒基因组5'端序列的探索

• 作者: 朱研 李金娜 汪萍 米晓云 苗书魁 马文戈 魏婕 魏玉荣 黄炯
• 来源期刊: 新疆农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 口蹄疫病毒 常规PCR 5'端序列 基因扩增
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 页码范围: 572-580
• 页数: 9页
• 分类号: S855
• 字数: 5803字
• 语种: 中文
• DOI: 10.6048/j.issn.1001-4330.2018.03.021

摘要

[目的]扩增口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)基因组5'端序列,为获得基因组全长准备基础.[方法]将FMDV O/Akesu/58 CE39A株液氮冻存基因组RNA反转录三次,对cDNA的5'端序列进行扩增、克隆、测序.[结果]以cDNA1与cDNA3为模板,用LA Taq DNA polymerase、EX Taq DNA polymer-ase、PrimeSTAR?HS DNA polymerase及3对引物Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ均未扩增出5'端目的片段;以cDNA2为模板,用LA Taq DNA polymerase为扩增酶,两对引物Ⅰ、Ⅱ均能扩增出5'端目的片段,且所测得的序列长度787 bp、797 bp与参考序列核苷酸同源性分别为86.2％和86.3％.[结论]常规PCR法扩增5'端序列较其它技术具有价格便宜、操作简便等优点,但扩增成功率偏低.试验共进行了72次PCR,成功率为6/72,说明FMDV 5'端序列的扩增难度大,应合理设计反转录引物和扩增引物.为许多RNA病毒反向遗传学研究提供了更多的选择.