蛋白质-蛋白质对接中打分函数的研究

• 作者: 李春华 王存新 陈慰祖 马晓慧
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 结合自由能 溶剂化自由能 侧链熵 静电能
• 年，卷（期）: 2003,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 47-52
• 页数: 6页
• 分类号: Q617
• 字数: 3722字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-6737.2003.01.009

摘要

通过分析蛋白质-蛋白质间的静电、疏水作用和熵效应与相对于晶体结构的蛋白质主链原子的均方根偏差(RMSD)的相关性,定量地考查了它们在蛋白质-蛋白质对接中作为打分函数评价近天然构象的能力.对7个蛋白质复合物体系的分析表明,就水化能而言,原子接触势模型(ACE)优于原子水化参数模型(ASP),且修正的ACE模型具有更好的评价近天然构象的能力;水化能与静电能结合对评价能力有进一步的提高.最后,我们将静电和修正的ACE水化能结合作为打分函数用于36个蛋白质复合物体系的对接研究,进一步证实了这两种能量项的组合能有效地将近天然结构从分子对接模式中区分出来.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马晓慧	北京工业大学生命科学与生物工程学院	13	91	6.0	9.0
2	陈慰祖	北京工业大学生命科学与生物工程学院	59	243	8.0	11.0
3	王存新	北京工业大学生命科学与生物工程学院	82	340	9.0	13.0
4	李春华	北京工业大学生命科学与生物工程学院	30	122	6.0	10.0