三肽和四肽构象空间的可视化方法

• 作者: 刘海燕 王煦法 郑浩然 陈双平
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 保距映射 三肽构象空间 四肽构象空间 可视化 聚集
• 年，卷（期）: 2004,（2）
• 所属期刊栏目: 生物信息学
• 页码范围: 132-136
• 页数: 5页
• 分类号: Q518.2
• 字数: 3506字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-6737.2004.02.008

摘要

研究蛋白质寡肽构象在构象空间中的分布情况,对提取寡肽模式并构建短肽库具有重要意义.通过构建一个保距映射,将以主链原子均方根距离(root mean square distance,RMSD)为距离测度的三肽构象空间变换为一维直线上的欧氏距离空间,从而直观地展现三肽构象的聚集情况,表明三肽主链构象可以用单一变量编码.应用该特性对四肽的构象空间加以分析,将四肽构象映射到三维空间中,从而以可视的方式描述四肽构象空间的聚集情况.对短肽构象空间的初步分析表明,短肽的聚集性和二级结构有着密切的联系.在四肽构象空间中存在有自然边界的离散区域(与螺旋等结构相关),也有一些区域(与折叠等结构有关)难以进一步划分.这种方法也为以可视方式分析高维空间中肽段的聚集性给出了一种可能的方案.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王煦法	中国科学技术大学信息学院计算机科学系	191	4142	33.0	58.0
2	陈双平	中国科学技术大学信息学院计算机科学系	10	34	4.0	5.0
3	郑浩然	中国科学技术大学信息学院计算机科学系	59	470	10.0	21.0
4	刘海燕	中国科学技术大学生命科学学院分子生物学与细胞生物学系	41	751	13.0	27.0