土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取

• 作者: 刘彬彬 周志华 李武 潘迎捷 赵勇 赵立平
• 来源期刊: 农业环境科学学报
• 关键词: 土壤DNA提取 DNA质量 PCR扩增 限制性片段长度多态性分析 温度梯度凝胶电泳分析
• 年，卷（期）: 2005,（5）
• 页码范围: 854-860
• 页数: 7页
• 分类号: S151.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1672-2043.2005.05.005

摘要

建立了一种土壤DNA提取方法.根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Lab method),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解.进一步应用PCR-限制性片段长度多态性(Restrictionfragmentlength polymorphism,RFLP)技术及PCR-温度梯度凝胶电泳(Temperature gradient gel electrophoresis,TGGE)技术,结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法(Lab method)得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒(Mo Bio UltraClean Soil DNA Kit和Bio 101 FastDNA SPIN Kit(For Soil))所得DNA的各种指标进行了比较.结果表明,手提方法(Lab method)的粗DNA产量低于Bio 101 Kit的,但高于Mo Bio Kit的.这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Lab method提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切.手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA.并且,手提方法所得DNA的细菌16S rDNA和真菌18S rDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16S rDNA V3区和真菌28S rDNA片段的PCR-TGGE 图谱上都存在一定差异,主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上.这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成.总之,手提DNA方法(Lab method)所用试剂普通,价格便宜,能在4 h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	潘迎捷	上海水产大学食品科学学院	67	1254	19.0	32.0
2	李武	上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与基因组学实验室	69	1142	17.0	32.0
3	赵勇	南京农业大学微生物学系	48	724	15.0	26.0
5	刘彬彬	上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与基因组学实验室	8	285	5.0	8.0
6	周志华	上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与基因组学实验室	5	301	5.0	5.0