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大白菜表达序列标签SSR标记分析
大白菜表达序列标签SSR标记分析
作者:
崔崇士
洪剑明
葛佳
谢华
马荣才
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
EST
EST-SSR
大白菜
摘要:
对大白菜(Brassicacampestris L.ssp pekinensis)13007个EST序列进行拼接共得到7 714个片段重叠群(contig),其中10.4%(890个)非冗余EST含有SSR标记(EST-SSR),标记间平均间隔距离为3.9 kb,单、双和三核苷酸重复序列大约各占1/3左右.CDS所包含的三核苷酸重复序列最多,而且AAG/CTT重复序列的含量最高.通过同源性比较分析,获得功能已知的SSR-ESTs 774个,共计含有846个SSR,其中50.2%位于5'-UTR,31.4%位于3'-UTR,18.4%位于CDS.实验选取123个SSR座位设计引物,利用芜菁花叶病毒(Turnip mosaic girus,TuMV)的高抗和高感大白菜F6代自交系材料各2份,分析EST-SSR标记多态性.结果表明,其中37个标记可进行有效扩增,但是没有表现出多态性,23个标记(18.7%)至少在1份材料中具有多态性.对这些EST-SSR标记在大白菜和其它芸薹属植物的系统发育关系分析、遗传作图和基因定位的应用进行了讨论.
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文献信息
篇名
大白菜表达序列标签SSR标记分析
来源期刊
农业生物技术学报
学科
农学
关键词
EST
EST-SSR
大白菜
年,卷(期)
2005,(4)
所属期刊栏目
研究论文
研究方向
页码范围
423-428
页数
6页
分类号
S18
字数
3998字
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1674-7968.2005.04.004
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
崔崇士
东北农业大学园艺学院
119
1485
21.0
30.0
2
马荣才
27
737
13.0
27.0
4
洪剑明
首都师范大学生命科学学院
62
1012
18.0
31.0
5
谢华
7
192
6.0
7.0
8
葛佳
1
47
1.0
1.0
传播情况
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参考文献(0)
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引证文献(2)
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二级引证文献(30)
2011(47)
引证文献(6)
二级引证文献(41)
2012(55)
引证文献(4)
二级引证文献(51)
2013(37)
引证文献(3)
二级引证文献(34)
2014(37)
引证文献(4)
二级引证文献(33)
2015(36)
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引证文献(0)
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节点文献
EST
EST-SSR
大白菜
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
农业生物技术学报
主办单位:
中国农业大学
中国农业生物技术学会
出版周期:
月刊
ISSN:
1674-7968
CN:
11-3342/S
开本:
大16开
出版地:
北京海淀区圆明园西路2号中国农业大学生命科学楼1053室
邮发代号:
2-367
创刊时间:
1993
语种:
chi
出版文献量(篇)
4211
总下载数(次)
8
相关基金
国家高技术研究发展计划(863计划)
英文译名:
The National High Technology Research and Development Program of China
官方网址:
http://www.863.org.cn
项目类型:
重点项目
学科类型:
信息技术
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