大白菜表达序列标签SSR标记分析

• 作者: 崔崇士 洪剑明 葛佳 谢华 马荣才
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: EST EST-SSR 大白菜
• 年，卷（期）: 2005,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 423-428
• 页数: 6页
• 分类号: S18
• 字数: 3998字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2005.04.004

摘要

对大白菜(Brassicacampestris L.ssp pekinensis)13007个EST序列进行拼接共得到7 714个片段重叠群(contig),其中10.4%(890个)非冗余EST含有SSR标记(EST-SSR),标记间平均间隔距离为3.9 kb,单、双和三核苷酸重复序列大约各占1/3左右.CDS所包含的三核苷酸重复序列最多,而且AAG/CTT重复序列的含量最高.通过同源性比较分析,获得功能已知的SSR-ESTs 774个,共计含有846个SSR,其中50.2%位于5'-UTR,31.4%位于3'-UTR,18.4%位于CDS.实验选取123个SSR座位设计引物,利用芜菁花叶病毒(Turnip mosaic girus,TuMV)的高抗和高感大白菜F6代自交系材料各2份,分析EST-SSR标记多态性.结果表明,其中37个标记可进行有效扩增,但是没有表现出多态性,23个标记(18.7%)至少在1份材料中具有多态性.对这些EST-SSR标记在大白菜和其它芸薹属植物的系统发育关系分析、遗传作图和基因定位的应用进行了讨论.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	崔崇士	东北农业大学园艺学院	119	1485	21.0	30.0
2	马荣才		27	737	13.0	27.0
4	洪剑明	首都师范大学生命科学学院	62	1012	18.0	31.0
5	谢华		7	192	6.0	7.0
8	葛佳		1	47	1.0	1.0