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大白菜简单序列重复(SSR)和插入/缺失(InDel)标记的开发及通用性分析
大白菜简单序列重复(SSR)和插入/缺失(InDel)标记的开发及通用性分析
作者:
仪泽会
卢有飞
张明科
张鲁刚
惠麦侠
郭晓芹
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
白菜
SSR
InDel
通用性
摘要:
为探讨大白菜基因组序列中SSR位点的分布规律并开发SSR引物,利用SSRHunter软件对大白菜A10(16899818~17299817)的DNA序列进行简单序列重复(SSR)位点查找,共得到394个SSRs,平均每1.02 kb出现1个SSR.二核苷酸和三核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占79.44%和18.78%.为了提高SSR标记开发的准确性和通用性,对检索得到的含SSR位点的序列进行了同源比对,选取符合条件的15条SSR序列并设计引物;依据Blast过程中发现的在SSR位点不存在差异而在其侧翼序列中存在插入/缺失(InDel)差异的序列,设计了19条InDel引物.用34对SSR及InDel引物在6个大白菜(Brassica rapa ssp.pekinesis)材料中进行多态性研究,发现28对引物能扩增出理想的PCR产物,有效扩增率为82.35%,其中27对引物具有多态性,多态性比率为79.41%.为验证SSR引物的真实性,随机对4对SSR引物的部分白菜扩增片段进行了测序,发现100%的片段具有相应的SSR位点.28对SSR和InDel引物在甘蓝(B.oleracea)、油菜(B.napus)和萝卜(Raphanus sativus)品种的有效扩增率分别为85.71%、100%和77.78%,说明新开发的SSR和InDel标记具有较好的多态性和通用性.利用6对引物分析了48份十字花科种质的遗传多样性,结果表明48份材料被明显地区分成白菜和甘蓝组、萝卜组、油菜组3大类群,与传统分类一致.大白菜SSR和InDel标记的开发对于十字花科种质亲缘关系及遗传多样性分析具有重要的应用价值.
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EST-SSR
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文献信息
篇名
大白菜简单序列重复(SSR)和插入/缺失(InDel)标记的开发及通用性分析
来源期刊
农业生物技术学报
学科
关键词
白菜
SSR
InDel
通用性
年,卷(期)
2012,(12)
所属期刊栏目
研究报告
研究方向
页码范围
1398-1406
页数
9页
分类号
字数
5366字
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1674-7968.2012.12.006
五维指标
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SSR
InDel
通用性
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研究来源
研究分支
研究去脉
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相关学者/机构
期刊影响力
农业生物技术学报
主办单位:
中国农业大学
中国农业生物技术学会
出版周期:
月刊
ISSN:
1674-7968
CN:
11-3342/S
开本:
大16开
出版地:
北京海淀区圆明园西路2号中国农业大学生命科学楼1053室
邮发代号:
2-367
创刊时间:
1993
语种:
chi
出版文献量(篇)
4211
总下载数(次)
8
总被引数(次)
40364
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
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