大白菜硫代葡萄糖甙合成基因SSR标记的开发

• 作者: 巩红影 王彦华 申书兴 罗双霞 赵建军 顾爱侠
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 关键词: 大白菜 硫代葡萄糖甙(GS) 简单重复序列(SSR) 分子标记
• 年，卷（期）: 2014,（10）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1232-1241
• 页数: 10页
• 字数: 5817字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2014.10.006

摘要

硫代葡萄糖甙(glucosinolates,GS)是一种含氮、硫的重要植物次生代谢产物,是十字花科蔬菜风味的主要来源.本研究根据拟南芥(Arabidopsis thaliana)和大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)基因组序列信息,比对GS生物合成相关基因的序列信息,发现大白菜中与GS含量相关的候选基因102个,分布于10条染色体上.拟南芥GS合成基因在大白菜中的同源基因个数分别为:零拷贝基因8个、单拷贝基因13个、2拷贝基因17个、2个以上多拷贝基因14个.通过FASTPCR6.0软件分析目标基因上下游序列各5kb,共开发出237个简单重复序列(SSR)位点,16个基因没有发现SSR位点,72个基因存在1～4个SSR位点,5个基因存在5个SSR位点,4个基因存在6个SSR位点,4个基因存在7个SSR位点,1个基因存在8个SSR位点.所开发的SSR位点中,共发现4种重复类型:单核苷酸重复最多,共122个,占SSR总数的51.4％;其次是二核苷酸重复类型,共48个,占SSR总数的20.3％;三核苷酸重复类型最少,共7个,占SSR总数的3.0％,另外60个SSR无明显的重复类型.具有SSR位点的86个基因中,77个基因可以设计SSR特异引物,其中49对特异引物在供试的75份大白菜高代自交系中得到有效扩增.其中16对引物具有多态性,占全部引物的20.8％; 18对引物无多态性,占全部引物的23.4％; 15对引物杂带多,占全部引物的19.5％;另外28对引物无扩增产物,占全部引物的36.4％.最终11对获得了清晰多态性扩增产物,共检测出26个等位基因.本研究为分子标记辅助选择培育高有益GS成分的大白菜新品种提供了基础资料,进而加快大白菜营养品质育种的进程.