SSR等位变异数对普通野生稻居群遗传结构分析的影响

• 作者: 任军方 张万霞 时津霞 杨庆文 陈成斌
• 来源期刊: 中国水稻科学
• 学科: 农学
• 关键词: 普通野生稻 居群 微卫星 等位变异 遗传结构 矩阵相关检测
• 年，卷（期）: 2005,（4）
• 页码范围: 297-302
• 页数: 6页
• 分类号: Q943|S32|S511.02
• 字数: 4841字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1001-7216.2005.04.002

摘要

运用矩阵相关检测及聚类分析比较相结合的方法,在对广西玉林普通野生稻居群进行遗传结构分析中,从260至60每降低20个等位变异进行梯度取样,研究了不同SSR等位变异相似系数矩阵与总等位变异相似系数矩阵之间的相关关系.结果表明:1)当等位变异数为200时,居群内个体间的遗传关系与总变异数为277时个体间遗传关系的相关系数高达99.5%,达到极显著标准;如果将等位变异数梯度降低到10,则所有4个群体分别在等位变异数为180、190、210和200时与总变异数为277时个体间遗传关系的相关系数达到99.5%.2)当等位变异数减少到60时,其相关系数也达到95.0%的显著相关.3)所有4个群体在其相似系数达到99.5%时的聚类图与总变异数为277时的聚类图基本一致,只有个别样品在聚类图中的位置略有变化,但其相似系数为95.0%时聚类图与总变异数为277时的聚类图差异非常明显.因此,在进行普通野生稻居群遗传结构分析时,选择均匀分布于基因组的SSR引物并得到200个左右的等位变异时就能精确地获得居群内个体间的遗传关系.由于水稻SSR引物在野生稻居群遗传结构分析中的平均等位基因数约为4,所以,50对引物即能反映居群内个体间的遗传关系.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	时津霞	中国农业科学院作物品种资源研究所	6	163	6.0	6.0
2	杨庆文	中国农业科学院作物品种资源研究所	65	1137	20.0	31.0
3	张万霞	中国农业科学院作物品种资源研究所	23	482	11.0	21.0
4	任军方	中国农业科学院作物品种资源研究所	5	142	5.0	5.0
5	陈成斌	广西农业科学院水稻研究所	43	478	14.0	19.0