小鼠视神经发育损伤相关基因的凝聚性分层聚类分析

• 作者: 伍亚舟 刘运来 姚忠祥 孙榆 张彦琦 杨梦苏 蔡文琴 袁碧波 黄明辉
• 来源期刊: 第三军医大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 中枢神经系统 发育 损伤 轴突导向 聚类分析
• 年，卷（期）: 2005,（18）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 1848-1852
• 页数: 5页
• 分类号: R195.4|R322.85|R329.23
• 字数: 4097字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-5404.2005.18.010

摘要

目的对前期工作中采用高密度基因芯片技术筛选到的视神经发育、损伤相关基因进行聚类分析,以了解这些基因之间的相互联系,并根据已知功能和CNS轴突生长、导向相关的基因对部分未知功能基因进行功能预测.方法用Gene Cluster软件对筛选到的视神经发育、损伤相关基因进行凝聚性分层聚类,并对已知功能和CNS轴突生长、导向相关的Ptn、Efnb3所在的小组进行进一步的分析.结果 1 033个符合聚类条件的基因根据聚类的树型图分成6类,其中B类基因的表达模式和小鼠外侧膝状体的发育过程非常类似,它们可能是视神经发育的关键基因;5个功能完全未知的基因Mm.28443、Mm.9671、Mm.25504、Mm.160640、Mm.182895和Ptn基因聚类在同一个小组中,它们和Ptn基因的相关性非常高,Pearson相关系数为0.979～0.996,这些基因我们暂时作为神经轴突生长、导向相关的候选基因;Lamr1基因和Efnb3基因的相似性很高,结合文献,推测Lamr1及其配体是视神经发育的重要轴突导向分子.结论新的轴突导向因子的发现能为基因工程治疗CNS损伤提供潜在的靶基因.