基于并行的同源RNA序列快速搜索算法

• 作者: 丁凡 严繁妹 王金华 管乃洋 骆志刚
• 来源期刊: 微电子学与计算机
• 关键词: 同源RNA序列 两级工作池 并行化
• 年，卷（期）: 2006,（9）
• 页码范围: 1-3,9
• 页数: 4页
• 分类号: TP31
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-7180.2006.09.001

摘要

cmsearch程序是目前最流行的同源RNA搜索工具之一,其最大的缺陷在于搜索速度过慢,严重影响了其应用范围.文章基于序列划分策略采用两级工作池方式实现同源RNA的并行搜索,并对其中所涉及的通信和负载平衡问题进行了优化.测试结果表明,此文方法具有良好的可扩展性,在120个处理器时,并行效率可达86.3%,能够用于全基因组范围内的大规模同源RNA序列搜索.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	骆志刚	国防科技大学并行与分布处理国家重点实验室	29	362	7.0	18.0
2	管乃洋	国防科技大学并行与分布处理国家重点实验室	3	2	1.0	1.0
3	严繁妹	国防科技大学并行与分布处理国家重点实验室	2	2	1.0	1.0
4	王金华	国防科技大学并行与分布处理国家重点实验室	3	3	1.0	1.0
5	丁凡	国防科技大学并行与分布处理国家重点实验室	2	135	1.0	2.0