基于序列划分策略的Hmmsearch程序两级并行实现

• 作者: 刘志芳 杨泽凡 肖国荣 郭华源 骆志刚
• 来源期刊: 计算机应用与软件
• 学科: 工学
• 关键词: 生物信息学 Hmmsearch 两级并行
• 年，卷（期）: 2006,（11）
• 所属期刊栏目: 基金项目论文
• 页码范围: 32-33,87
• 页数: 3页
• 分类号: TP3
• 字数: 1448字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-386X.2006.11.012

摘要

Hmmsearch程序是生物序列分析软件包HMMER中最主要程序之一,采用集中式动态负载平衡方案.为了提高其可扩展性,提出一种基于序列划分策略的两级并行算法,采用分布式动态负载平衡方案.通过增加中间层形成"Master- subMaster- Slave"结构,来改善原"Master-Slave"结构的不足.实验数据表明改进算法比原算法具有更好的可扩展并行性能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	骆志刚	国防科技大学计算机学院并行与分布处理国家重点实验室	29	362	7.0	18.0
2	杨泽凡	湖南工程学院计算机科学与技术系	18	81	5.0	8.0
3	刘志芳	国防科技大学计算机学院并行与分布处理国家重点实验室	2	4	2.0	2.0
4	郭华源	国防科技大学计算机学院并行与分布处理国家重点实验室	2	4	2.0	2.0
5	肖国荣	国防科技大学计算机学院并行与分布处理国家重点实验室	2	4	2.0	2.0