RNAstructure软件不同版本对FORS-D分析的影响

• 作者: 俞倩 孙金燕 张驰宇 成婧 曹威 李全双 魏继福
• 来源期刊: 江苏大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: RNAstructure FORS-D分析 二级结构潜能 最小自由能
• 年，卷（期）: 2006,（4）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 294-297,309
• 页数: 5页
• 分类号: R34
• 字数: 3187字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-7783.2006.04.006

摘要

目的: 研究RNAstructure 两个不同版本(4.2和3.6版)对FORS-D分析的影响.方法: 以HIV-1 CRF01_AE基因组为对象,将其分隔成连续的含200碱基的片段,两个连续片段之间互相重叠150 碱基.用序列打乱程序将每个片段打乱成10个碱基组成相同的随机片段.用RNAstructure软件分别计算每个片段核酸二级结构的最小自由能.结果: 两个不同版本RNAstructure软件获得的FONS、FORS-M和FORS-D值在基因组上具有完全一致的分布.用Z检验分别比较两组数据的平均值,发现4.2版获得的FONS(P＜0.05)和FORS-M(P＜0.01)值明显低于3.6版,而对FORS-D(Z=0.127 1,P＞0.05)值没有明显影响.另外,发现GC含量不是两个版本软件造成FONS(P=0.29)和FORS-M (P=0.40)差异的主要因素.结论: 使用不同版本的RNAstructure不会影响FORS-D值,但因4.2版可以产生更稳定的二级结构,并具有更高的预测准确性,使用RNAstructure 4.2版进行FORS-D分析将是更好的选择.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张驰宇	江苏大学医学技术学院	21	438	7.0	20.0
2	魏继福	江苏省人民医院中心实验室	8	37	4.0	6.0
3	曹威	江苏大学医学技术学院	3	65	3.0	3.0
4	李全双	江苏大学医学技术学院	3	79	3.0	3.0
5	成婧	江苏大学医学技术学院	2	55	2.0	2.0
6	俞倩	江苏大学医学技术学院	1	4	1.0	1.0
7	孙金燕	江苏大学医学技术学院	2	55	2.0	2.0