FORS-D分析软件"Random_fold_scan"和不同碱基随机打乱算法对FORS-D分析的影响

• 作者: 张驰宇 徐顺高 魏继福
• 来源期刊: 江苏大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: FORS-D分析 Z-score 单碱基随机打乱 双碱基随机打乱
• 年，卷（期）: 2007,（6）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 461-466,470
• 页数: 7页
• 分类号: R318.04
• 字数: 4840字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-7783.2007.06.001

摘要

目的:开发FORS-D分析软件,并比较不同碱基随机打乱算法对FORS-D分析的影响.方法:根据单、双、三碱基及密码子随机打乱算法,用ActivePerl-5.8.8.820编写"Random_fold_scan"软件,它通过系统命令调用RNA-structure4.2来计算FORS-D值.用4种碱基随机打乱算法分别计算来自不同物种的12个mRNA序列,并且比较它们对FORS-D值的影响.结果:4种随机打乱策略不影响核酸序列的FORS-D分布趋势,但是单碱基打乱算法可以获得比其他3种算法更低的FORS-D值.比较4种打乱算法获得的FORS-D值的Z-score分布,发现单碱基打乱产生的FORS-D值显著小于0的比例最高,相反,FORS-D值显著大于0的比例最低.结论:单碱基随机打乱算法能够彻底破坏原始核酸的序列信息,在概念和理论上能够真正反映FORS-D的生物学涵义.这表明FORS-D分析中单碱基打乱足以给出准确、可靠的数据信息.此外,我们开发了软件"Random_fold_scan"用于FORS-D分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	魏继福	南京医科大学第一附属医院临床试验研究中心	25	131	7.0	10.0
2	张驰宇	江苏大学医学技术学院	21	438	7.0	20.0
3	徐顺高	江苏大学医学技术学院	30	301	5.0	17.0